Le clan de
shinobi est la plus grande unité organisationnelle. Chaque clan suit la philosophie et l'entrainement martial d'un
ryu particulier. Chaque
ryu a été fondé par un maître du
ninjutsu. Chaque
ryu a ses propres traditions, sa philosophie particulière et sa façon de faire les choses. Bien qu'ils aient des définitions différentes, les termes
ryu (école d'arts martiaux) et clans peuvent être interchangés librement dans le cas des
ninja.
Jonin
A la tête d'un
ryu se trouve le
jonin. Le
jonin fait fonction de commandant suprême et de chef du
ryu. Il contrôle les activités du clan et c'est lui qui choisi qui les
shinobi aideront et à quel prix. Dans les plus grands
ryu, comme les Iga ou les Koga, le
jonin est un "sage". C'est un homme cultivé et connaissant extrêmement bien son territoire. Il est parfaitement informé des événements qui se produisent dans sa zone d'influence, un réseau d'espions efficace lui remontant les informations notables.
Les décision du
jonin se basent sur sa compréhension philosophique des choses. Il voit le "schéma d'ensemble" et décide en fonction. Le vrai
jonin est un homme d'harmonie et plus souvent que l'on pense il aidera les défavorisés qui se retrouvent sans moyens honorables de faire reconnaître leurs droits.
Le
jonin est intouchable pour la bonne et simple raison qu'il est pratiquement toujours inconnu de ses agents. Si ces derniers ne le connaissent pas, ils ne peuvent pas le trahir, même sous la torture.
Par ailleurs, le fait que les agents de terrain ne le connaissent pas permet également de diriger le
ryu de manière plus douce. Mais pour pouvoir diriger de cette manière, il faut des intermédiaires.
Soke
Bien que certains
ryu utilisent le terme
soke (littéralement
grand maître) pour désigner le chef du
ryu, le
soke désigne en général le représentant du clan. Le
soke gère les affaires courantes du clan et agira en tant que chef quelque soit la couverture choisie par le
ryu. Dans les domaines de l'enseignement, des finances et des relations avec les non-
shinobi, le
soke ne répondra de ses choix que devant le
jonin. Mais le
soke n'a aucun pouvoir en ce qui concerne l'activité principale du clan : celle de
shinobi.
Dans la plupart des cas, le
soke est un ancien
shinobi de haut rang qui a pris sa retraite. Il arrive courament qu'une
kunoichi soit élue en tant que
soke, permettant ainsi au clan de reconnaître l'implication et la compétence de ses femmes.
Chunin
Les
chunin sont un groupe de
shinobi qui travaillent directement pour le
jonin. Il est de leur responsabilité d'organiser les opérations décidées par le
jonin. C'est à eux de choisir les personnes qui leur semblent les plus qualifiées pour remplir une mission.
Ils servent également d'intermédiaires, transmettant les instructions du
jonin aux
genin. Ce système assure la sécurité du
jonin en protégeant son identité. Du fait de cette structure en "cellules", deux
chunin et leurs subordonnés respectifs peuvent très bien ignorer totalement qu'ils travaillent pour le même
jonin.
Les
chunin jouent rarement un rôle actif dans les opérations, préférant rester en arrière et gérer les ressources nécessaires à la mission. Bien qu'ils soient entraînés aux arts
shinobi comme les autres
ninja, leur spécialité est la gestion des ressources tant matérielles qu'humaines.
Genin
L'homme "de base" est appelé
genin. Il a la responsabilité d'accomplir les tâches qui lui sont confiées par le
jonin et transmises par le biais des
chunin. Les
genin sont les membres les plus actifs et les plus nombreux d'un clan
shinobi. Ce sont également eux qui inspirent le plus les légendes relatives aux exploits et aux capacités des
shinobi.